节奏医生采用与主流音游类似的按照时间判定击中与否的机制，当前，游戏内含有3个基础难度和2个扩展难度，各难度对应的判定区间如下：
| 难度 | 判定区间 |
|---|---|
| 困难 | ±40ms |
| 标准 | ±80ms |
| 简单 | ±120ms |
| 极简 | ±200ms |
| 按了就中 | -400ms ~ +200ms |
※极简与按了就中为扩展难度，需要在游戏的易用性设置菜单内将“更多难度选项”调整为开启后才可选择
在上述击中判定区间之外，游戏还额外指定了类似于大小miss的判定区间，这个判定区间不会影响实际游玩时的成绩，仅用于轨道击拍时的脉冲位置演出：
| 分类 | 判定区间 |
|---|---|
| BARELY （小miss） | ±200ms |
| COUNTED （大miss） | ±400ms |
在通常的关卡结算时，除了根据失误数赋予的等级评分外，还有一个根据击拍精准程度赋予的符号评分，其规则为：
当总计击拍数的一半及以上拍子的击中时间落在困难判定区间内时，赋予+（plus）号评分
类似的，当一半以上的拍子击中时间落在标准判定区间以外时，赋予-（minus）号评分
以上两个条件皆不符合时则不发放符号评分
※注意：漏掉的拍子不参与符号评分
在游戏内的高级设置中将“详细关卡结算”一项设置为开启时，结算画面会增加两行黄色文字，显示失误量和偏差帧数，偏差帧数由以下规则计算：
偏差帧以60fps为基准进行计算，因此1偏差帧=16.666ms
计算偏差帧时，将获得的偏差时间（毫秒）先乘以60，然后四舍五入取整，获得的即为偏差帧。
特别地，当计算出的偏差帧为1时，将其覆写为0